Depuis tout petit, Jacob écoute émerveillé les histoires de son grand-Père sur son enfance dans un pensionnat avec des enfants plus originaux les uns que les autres. Mais un jour, à force de raillerie de ces camarades, Jacob annonce à son grand-père qu'il ne croit plus à ses histoires et ne veut plus qu'il lui raconte. Il n'en entendra plus parler jusqu'au jour de la mort de son grand père, qui lui laisse une piste à suivre énigmatique. Jacob décide alors d'aller visiter ce fameux pensionnat afin de faire la lumière sur le passé. Ce qu'il va découvrir ira bien au delà de tout ce qu'il avait pu imaginer...

A Londres, Jacob Portman et Emma Bloom recherchent leurs amis enlevés par les Estres et retrouvent leurs traces grâce au flair d'Addison, le chien doué de parole. Ils font la connaissance de Sharon, qui leur propose de traverser la Tamise contre une pièce d'or, pour rejoindre l'arpent du diable, boucle temporelle où se cache Caul, frère de Miss Peregrine et ravisseur des enfants particuliers.

Livrés à eux-mêmes suite à l'attaque des Estres ayant changée Miss Peregrine en oiseau, Jacob et les enfants particuliers échouent sur une rive de Grande-Bretagne, en 1940. En fuyant leurs ennemis, les enfants trouvent refuge dans une boucle temporelle où vivent d'étranges animaux qui leur révèlent qu'une Ombrune, Miss Wren, aurait le pouvoir de redonner à leur directrice sa forme humaine.

Jacob et Noor viennent d'échapper au clan de Léo, mais un nouveau danger se profile. Avant de mourir, H a parlé d'une prophétie qui pourrait anéantir le monde des particuliers.Quand voleront les hommes,à l'instar des oiseaux,Quand les monstres tapis,sortiront au grand air.Noor serait au coeur de cette guerre souterraine. Et seule une mystérieuse V pourrait assurer sa protection.

Alors que les ténèbres sont sur le point d'envahir le monde, Noor et Jacob se retrouvent à l'endroit où tout a commencé, la maison d'Abe Portman, en Floride. Ils n'ont aucun souvenir de la façon dont ils ont réussi à fuir la boucle de V, mais ils sont certains d'une chose : Caul est revenu.

Abe Portman, un enfant juif polonais, s'est autrefois réfugié pour échapper à la menace nazie dans un orphelinat d'une île du pays de Galles, dirigé par Miss Peregrine Faucon. Là-bas, il a côtoyé des enfants aux capacités surnaturelles censées les protéger des monstres. Aujourd'hui devenu vieillard, il raconte cette période à son petit-fils Jacob, âgé de 15 ans.