Dotée d'une mémoire photographique, la jeune Sophie a aussi la capacité d'entendre ce que les autres pensent. Ces facultés l'isolent et lui rendent la vie impossible. Lors d'une visite au musée avec sa classe, elle rencontre un mystérieux garçon qui lui révèle qui elle est et d'où elle vient. Sophie abandonne alors sa vie ordinaire pour un autre univers

Après être passés par Exillium, l'école réservée aux bannis, Sophie et ses amis sont de retour à l'académie Foxfire. Les nouveaux membres du Cygne noir sont cependant en danger et les Invisibles multiplient les attaques contre les Cités perdues. Sophie et sa troupe tentent d'en savoir davantage sur le plan de l'ennemi, le projet Polaris.

Endeuillée et dans l'incertitude, Sophie doit changer de tactique afin de sauver sa famille humaine enlevée par les Invisibles. Pour se rendre dans la cité de Nocturna, elle est amenée à pactiser avec plusieurs de ses ennemis. Bientôt, elle réalise qu'un secret ancestral capable de changer la face du monde y est dissimulé.

Réalisant que ses pouvoirs sont insuffisants face aux Invisibles, Sophie décide de changer de tactique et de prendre un plus grand risque : brouiller les frontières entre le passé et le présent.