Thomas se réveille sans aucun souvenir au milieu d'un labyrinthe dont les murs se déplacent toutes les nuits. Il se rend vite compte que, pour en sortir, il doit travailler avec les autres adolescents enfermés avec lui.

13 ans avant le Labyrinthe, découvrez l'histoire de Mark et Trina. Treize ans avant que Thomas entre dans le Labyrinthe, une éruption solaire touche la Terre. Mark et Trina survivent à cette catastrophe, mais une autre épreuve les attend. Une étrange épidémie se répand aux états-Unis, frappant de folie ceux qu'elle atteint. C'est l'existence de l'espèce humaine qui est désormais menacée ! Convaincus qu'il existe un remède, Mark et Trina vont tout faire pour le trouver... s'ils parviennent à rester en vie. Car dans ce monde dévasté, certains préfèrent tuer pour que personne ne découvre la vérité.