Les hommes se sont levés pour combattre les machines. Mais Ciel a encore des collaborateurs parmi eux et les utilise afin de pouvoir faire ce qui lui est interdit comme tuer des hommes. Pourtant, la force collective de la résistance commence à affaiblir les capacités de celle qui est désormais appelée "Big Bug" et qui doit à présent revoir ses calculs...

Seul, échoué sur une plage, un naufragé observe le rivage. Sa priorité est de trouver à manger sans se faire manger par les animaux étranges de l'île. Dans ce monde, les règles n'ont pas toujours de sens, mais le courage et la créativité sont des armes pour échapper aux pièges de l'île et découvrir ses secrets.

Alors que la pluie ne cesse de tomber, Kosh et Lou sont contraints d'évacuer leurs maisons avec leurs frères et soeurs. Ne pouvant patienter jusqu'au retour de leurs parents, ils décident de prendre la fuite et parviennent à se réfugier dans le clocher de l'église. Tandis que les eaux continuent de monter, ils attendent que les secours arrivent.

Suite et fin des aventures de Kosh et Lou, qui avaient dû quitter leurs maisons avec leurs frères et leurs soeurs suite à des pluies diluviennes. A Komolo, Lou, aidée de Malcolm, doit faire évader Kosh et Noah, accusés de piraterie.